По заповед на министъра на културата проф. Стефан Данаилов Комисия на Министерството на културата посети Археологическия резерват „Перперикон”, за да установи нанесените щети от земетресението на 21 февруари 2006 г.
Предварителната оценка на щетите и необходимата сума за тяхното отстраняване е около 18 000 лева.
В резултат на земетресението от югоизточната част на скалния венец се е откъснал скален къс, който е паднал върху първата площадка на античния комплекс. Освен това има напукване и разместване на скални късове по южния склон, частични разрушения на каменните зидове от средновековните градежи и пропадане на земна маса върху археологическите изкопи. Аварийните мерки, които трябва да се предприемат веднага, са свързани с укрепване на разместените скални късове, укрепване и възстановяване на разрушените зидове и обезопасяване на камъните, които могат да се срутят и да нанесат нови щети.
За да се избегне опасността от по-значителни разрушения в бъдеще, са необходими допълнителни средства за консервационно-укрепителни работи, които по предварителна оценка са за около 92 000 лв.
